Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIG1P18858 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIG1P18858 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIG1P18858 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
LIG1P18858 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG1P18858 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG1P18858 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG1P18858 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG1P18858 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
LIG1P18858 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
LIG1P18858 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIG1P18858 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIG1P18858 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIG1P18858 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIG1P18858 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
LIG1P18858 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG1P18858 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG1P18858 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG1P18858 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG1P18858 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG1P18858 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
LIG1P18858 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
LIG1P18858 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
LIG1P18858 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG1P18858 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG1P18858 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG1P18858 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG1P18858 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG1P18858 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG1P18858 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
LIG1P18858 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms