Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A3P12111 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms