Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
DDX28Q9NUL7 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
DDX28Q9NUL7 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
DDX28Q9NUL7 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
DDX28Q9NUL7 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
DDX28Q9NUL7 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
DDX28Q9NUL7 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
DDX28Q9NUL7 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
DDX28Q9NUL7 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
DDX28Q9NUL7 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
DDX28Q9NUL7 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
DDX28Q9NUL7 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
DDX28Q9NUL7 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
DDX28Q9NUL7 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
DDX28Q9NUL7 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
DDX28Q9NUL7 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
DDX28Q9NUL7 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
DDX28Q9NUL7 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
DDX28Q9NUL7 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
DDX28Q9NUL7 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
DDX28Q9NUL7 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
DDX28Q9NUL7 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms