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| PTPRJ | Q12913 | LY6E-208 | ENST00000520531 | 490 nt | TSL 2 BASIC | 15.02 | ■□□□□ -0 | | |
| PTPRJ | Q12913 | NAV2-AS2-201 | ENST00000533767 | 782 nt | TSL 2 BASIC | 15.02 | ■□□□□ -0 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | AC100756.2-201 | ENST00000569537 | 736 nt | BASIC | 15.02 | ■□□□□ -0 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | MANEA-AS1-201 | ENST00000564541 | 2268 nt | BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
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| PTPRJ | Q12913 | MECP2-217 | ENST00000628176 | 1712 nt | TSL 3 BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | WNT7B-201 | ENST00000339464 | 3919 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | IMPA1-201 | ENST00000256108 | 2690 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | ERCC4-207 | ENST00000575156 | 2073 nt | TSL 1 (best) BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | NFATC2-207 | ENST00000610033 | 2740 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | GNAS-215 | ENST00000371102 | 3438 nt | TSL 5 BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | TLN2-202 | ENST00000472902 | 2116 nt | TSL 1 (best) BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | PKM-220 | ENST00000568459 | 1806 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 15.01 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | BCAR1-208 | ENST00000542031 | 2846 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | AP000550.1-201 | ENST00000420508 | 4833 nt | TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | DNAJB6-201 | ENST00000262177 | 2527 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | MBD1-212 | ENST00000585672 | 2532 nt | TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | CSF3-201 | ENST00000225474 | 1509 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | IMMT-212 | ENST00000620815 | 1520 nt | TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | STK32B-201 | ENST00000282908 | 3582 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | CPN1-201 | ENST00000370418 | 1863 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | SEPT9-220 | ENST00000588690 | 2919 nt | TSL 5 BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | ATXN2L-202 | ENST00000336783 | 4367 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | CFAP52-202 | ENST00000396219 | 1912 nt | TSL 2 BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | FAM98B-202 | ENST00000397609 | 4388 nt | APPRIS P2 TSL 5 BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | UBXN2B-201 | ENST00000399598 | 5068 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |
| PTPRJ | Q12913 | PCDH19-202 | ENST00000373034 | 9756 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 15 | □□□□□ -0.01 | | |