Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 SNX19-213ENST00000534726 1656 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 NME1-209ENST00000511355 1645 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 IFT57-201ENST00000264538 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LDB3-204ENST00000372066 1598 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 UNC5CL-201ENST00000244565 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PBXIP1-203ENST00000368465 3144 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 EGR2-201ENST00000242480 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CKMT2-203ENST00000437669 1479 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ASAP3-202ENST00000437606 2865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AAR2-202ENST00000373932 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PKIG-201ENST00000349959 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC136604.1-202ENST00000425471 771 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 FBXL8-208ENST00000521920 574 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CRISPLD2-210ENST00000569090 808 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 C21orf59-203ENST00000382549 2503 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 TRIM69-206ENST00000559390 2486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 GABRG3-208ENST00000615808 10768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 COG5-202ENST00000347053 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ATP2B3-201ENST00000263519 6420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RAB40A-202ENST00000372633 3126 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 KY-202ENST00000503669 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 HS3ST5-201ENST00000312719 3901 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 WASHC5-202ENST00000517845 3667 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 POLM-201ENST00000242248 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SFI1-208ENST00000432498 4162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ABCD1P2-201ENST00000429313 1601 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 HMGCS2-201ENST00000369406 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 TNIP3-201ENST00000057513 2416 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 BCL2-201ENST00000333681 3209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RUFY4-201ENST00000344321 2352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 USP3-204ENST00000540797 5474 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 XRCC6-202ENST00000360079 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SERPINH1-205ENST00000525876 2283 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ATG4C-201ENST00000317868 2938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SMYD4-201ENST00000305513 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MCF2L-204ENST00000375608 3648 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RIN3-212ENST00000620541 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 DCAF8-201ENST00000326837 3972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 C12orf76-201ENST00000309050 1964 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RNF43-205ENST00000581868 2610 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CYB5A-202ENST00000340533 3283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 GIPR-205ENST00000590918 3289 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 USP17L2-201ENST00000333796 1910 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SGK2-203ENST00000373092 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 KRTAP10-13P-201ENST00000412914 571 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 THRB-AS1-202ENST00000438096 702 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC011603.2-203ENST00000547387 897 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 RCAN2-204ENST00000405162 2457 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MEX3B-202ENST00000558133 4333 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PELP1-201ENST00000301396 3673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CCT6B-201ENST00000314144 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 APBB3-202ENST00000356738 1804 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 DSN1-204ENST00000426836 2441 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 CDK11B-203ENST00000341832 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 BEND7-201ENST00000341083 2239 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PLAT-201ENST00000220809 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 PRAME-202ENST00000398743 2196 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 NDRG4-255ENST00000570248 3207 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 MCPH1-AS1-201ENST00000515608 2147 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 AC009474.1-201ENST00000455096 1565 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
LIG1P18858 KCNH6-204ENST00000581784 3017 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIG1P18858 STIM1-201ENST00000300737 4038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIG1P18858 GNAI2-203ENST00000422163 2407 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIG1P18858 DCAF10-202ENST00000377724 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ITGA6-202ENST00000409080 5306 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
LIG1P18858 ERAL1-201ENST00000254928 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.5 ms