Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
VPS28Q9UK41 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS28Q9UK41 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.2 ms