Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
SMARCAL1Q9NZC9 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SMARCAL1Q9NZC9 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms