Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP40Q9NVE5 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP40Q9NVE5 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms