Protein–RNA interactions for Protein: Q9NP79

VTA1, Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 307 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VTA1Q9NP79 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VTA1Q9NP79 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VTA1Q9NP79 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms