Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
NCBP3Q53F19 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 SERPINA7P1-201ENST00000443077 631 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC29.4■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
NCBP3Q53F19 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
NCBP3Q53F19 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms