Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.38■■■■□ 3.73
CUX1P39880 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC38.38■■■■□ 3.73
CUX1P39880 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.38■■■■□ 3.73
CUX1P39880 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC38.38■■■■□ 3.73
CUX1P39880 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC38.37■■■■□ 3.73
CUX1P39880 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.37■■■■□ 3.73
CUX1P39880 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC38.37■■■■□ 3.73
CUX1P39880 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC38.37■■■■□ 3.73
CUX1P39880 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC38.37■■■■□ 3.73
CUX1P39880 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC38.36■■■■□ 3.73
CUX1P39880 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.36■■■■□ 3.73
CUX1P39880 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC38.35■■■■□ 3.73
CUX1P39880 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC38.35■■■■□ 3.73
CUX1P39880 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.35■■■■□ 3.73
CUX1P39880 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC38.35■■■■□ 3.73
CUX1P39880 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.35■■■■□ 3.73
CUX1P39880 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC38.35■■■■□ 3.73
CUX1P39880 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC38.35■■■■□ 3.73
CUX1P39880 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.35■■■■□ 3.73
CUX1P39880 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.34■■■■□ 3.73
CUX1P39880 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC38.34■■■■□ 3.73
CUX1P39880 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC38.34■■■■□ 3.73
CUX1P39880 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC38.34■■■■□ 3.73
CUX1P39880 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC38.33■■■■□ 3.73
CUX1P39880 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.73
CUX1P39880 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.73
CUX1P39880 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.72
CUX1P39880 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC38.32■■■■□ 3.72
CUX1P39880 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC38.32■■■■□ 3.72
CUX1P39880 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.31■■■■□ 3.72
CUX1P39880 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC38.31■■■■□ 3.72
CUX1P39880 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC38.31■■■■□ 3.72
CUX1P39880 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC38.31■■■■□ 3.72
CUX1P39880 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.31■■■■□ 3.72
CUX1P39880 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC38.3■■■■□ 3.72
CUX1P39880 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.3■■■■□ 3.72
CUX1P39880 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.3■■■■□ 3.72
CUX1P39880 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC38.29■■■■□ 3.72
CUX1P39880 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC38.29■■■■□ 3.72
CUX1P39880 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.29■■■■□ 3.72
CUX1P39880 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC38.29■■■■□ 3.72
CUX1P39880 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC38.29■■■■□ 3.72
CUX1P39880 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC38.29■■■■□ 3.72
CUX1P39880 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.28■■■■□ 3.72
CUX1P39880 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.28■■■■□ 3.72
CUX1P39880 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC38.28■■■■□ 3.72
CUX1P39880 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.28■■■■□ 3.72
CUX1P39880 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC38.28■■■■□ 3.72
CUX1P39880 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC38.28■■■■□ 3.72
CUX1P39880 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
CUX1P39880 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
CUX1P39880 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC38.27■■■■□ 3.72
CUX1P39880 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.27■■■■□ 3.72
CUX1P39880 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC38.26■■■■□ 3.72
CUX1P39880 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.26■■■■□ 3.72
CUX1P39880 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC38.26■■■■□ 3.72
CUX1P39880 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC38.26■■■■□ 3.72
CUX1P39880 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC38.26■■■■□ 3.72
CUX1P39880 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC38.26■■■■□ 3.72
CUX1P39880 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC38.26■■■■□ 3.71
CUX1P39880 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC38.26■■■■□ 3.71
CUX1P39880 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
CUX1P39880 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
CUX1P39880 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
CUX1P39880 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.25■■■■□ 3.71
CUX1P39880 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.24■■■■□ 3.71
CUX1P39880 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.24■■■■□ 3.71
CUX1P39880 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC38.24■■■■□ 3.71
CUX1P39880 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC38.24■■■■□ 3.71
CUX1P39880 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC38.24■■■■□ 3.71
CUX1P39880 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC38.24■■■■□ 3.71
CUX1P39880 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC38.24■■■■□ 3.71
CUX1P39880 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.23■■■■□ 3.71
CUX1P39880 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC38.23■■■■□ 3.71
CUX1P39880 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.23■■■■□ 3.71
CUX1P39880 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC38.23■■■■□ 3.71
CUX1P39880 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC38.23■■■■□ 3.71
CUX1P39880 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC38.23■■■■□ 3.71
CUX1P39880 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.23■■■■□ 3.71
CUX1P39880 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC38.22■■■■□ 3.71
CUX1P39880 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms