Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
COL6A3P12111 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL6A3P12111 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL6A3P12111 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms