Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
VIMP08670 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
VIMP08670 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VIMP08670 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
VIMP08670 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VIMP08670 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VIMP08670 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VIMP08670 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VIMP08670 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
VIMP08670 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
VIMP08670 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
VIMP08670 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
VIMP08670 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VIMP08670 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VIMP08670 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VIMP08670 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
VIMP08670 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VIMP08670 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
VIMP08670 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
VIMP08670 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
VIMP08670 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
VIMP08670 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
VIMP08670 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
VIMP08670 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms