Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SDC3O75056 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SDC3O75056 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SDC3O75056 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SDC3O75056 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SDC3O75056 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SDC3O75056 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SDC3O75056 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC3O75056 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC3O75056 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC3O75056 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC3O75056 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC3O75056 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC3O75056 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC3O75056 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SDC3O75056 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC3O75056 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC3O75056 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC3O75056 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC3O75056 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC3O75056 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC3O75056 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDC3O75056 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SDC3O75056 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SDC3O75056 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDC3O75056 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDC3O75056 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDC3O75056 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDC3O75056 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms