Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DDX39B-AS1-208ENST00000420520 516 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC004895.1-202ENST00000435547 547 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TONSL-AS1-201ENST00000442850 428 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL662797.1-201ENST00000442852 799 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC108724.1-201ENST00000481669 352 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GPX3-202ENST00000517973 612 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CMTM1-219ENST00000533953 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 APOPT1-215ENST00000556253 783 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TRAPPC2L-212ENST00000567312 499 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC093503.1-201ENST00000593888 495 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.75-201ENST00000614439 293 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GP6-201ENST00000310373 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 LINC00475-202ENST00000416438 2506 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CLEC10A-202ENST00000416562 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 NME1-209ENST00000511355 1645 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ZNF821-214ENST00000565601 1858 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TNIP1-214ENST00000522226 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC072061.1-201ENST00000569710 2234 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 NCLP1-201ENST00000445357 1963 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC012184.2-203ENST00000443119 2110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ASS1-203ENST00000372393 1548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 DNASE1L1-206ENST00000393638 2665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 OR2V1-202ENST00000641318 2665 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 DPPA5-201ENST00000370370 679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ACOT6-201ENST00000381139 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SERF2-204ENST00000402131 586 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GRP-202ENST00000420468 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 RPL15-208ENST00000435882 1063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 HFE-209ENST00000461397 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 KHDRBS3-206ENST00000520981 1243 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 WNT5B-206ENST00000542408 508 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MIR6125-201ENST00000618986 96 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL928921.2-201ENST00000641325 2442 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SEZ6L-202ENST00000343706 2898 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 WBP4-201ENST00000379487 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ZNF135-205ENST00000511556 2253 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PTN-202ENST00000393083 1599 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 P4HA1-205ENST00000440381 2790 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GFI1B-202ENST00000372122 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PGAP2-204ENST00000396991 1798 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GPRC5B-209ENST00000569479 2984 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ZFP64-203ENST00000361387 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PI4KAP2-201ENST00000360806 2080 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AP000437.1-201ENST00000624057 2085 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ALG6-202ENST00000371108 3371 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CR383656.2-201ENST00000548656 2254 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
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TCOF1Q13428 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 PAEP-201ENST00000277508 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CCL25-202ENST00000315626 450 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 HNRNPA1P21-201ENST00000424115 961 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC010086.2-201ENST00000428616 226 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CITED1-209ENST00000453707 998 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 HOXC-AS3-203ENST00000514702 368 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC078814.4-201ENST00000546650 327 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 FAAP24-203ENST00000589646 836 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 FAM90A28P-201ENST00000596881 489 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TRAF3-202ENST00000351691 2239 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 KRT8P25-201ENST00000473150 1456 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC011477.7-201ENST00000617163 1440 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GBAP1-208ENST00000566701 1546 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 TSPAN12-201ENST00000222747 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CAPN1-224ENST00000533129 2792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GPM6B-202ENST00000355135 1673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 IKBKG-208ENST00000611176 1654 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 GZMB-201ENST00000216341 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AL356417.1-201ENST00000421161 845 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC022274.1-201ENST00000467082 490 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC104212.2-201ENST00000478813 628 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 NDUFB2P1-201ENST00000506966 295 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 AC011489.1-201ENST00000586744 690 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 SMIM11B-202ENST00000619874 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 KRT75-201ENST00000252245 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 FGF12-207ENST00000454309 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 KLHL32-206ENST00000544166 2864 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
TCOF1Q13428 LIPA-202ENST00000336233 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
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