Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 WDR17-205ENST00000508596 4294 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 LINC00863-201ENST00000439559 3287 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC005324.3-201ENST00000455584 5514 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 CLOCK-211ENST00000513440 3580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 CAMKK2-209ENST00000446440 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 PRSS16-203ENST00000421826 1949 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 EIF3F-201ENST00000309828 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC090164.2-201ENST00000611487 516 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC068587.8-201ENST00000641239 219 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 MCPH1-AS1-201ENST00000515608 2147 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 APLP2-203ENST00000338167 3270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 TICAM1-201ENST00000248244 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 LANCL3-202ENST00000378621 10298 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 OSBP2-219ENST00000535268 3248 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 NRG1-201ENST00000287842 2035 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 MAP2K3-214ENST00000613338 2029 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 USF1-202ENST00000368020 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ATP12A-201ENST00000218548 3732 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 PPT1-203ENST00000433473 2267 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ZMYND15-206ENST00000592813 2274 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AL139193.2-201ENST00000553712 1954 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 SIAE-206ENST00000618733 1980 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 TMPO-202ENST00000266732 3615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 KCNJ9-201ENST00000368088 4170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 TCAF1P1-201ENST00000414990 2232 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 CIITA-213ENST00000618327 4657 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 SLC6A5-202ENST00000525748 7084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 LIMS2-206ENST00000409754 1620 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ABCD1P2-201ENST00000429313 1601 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ATP2C1-201ENST00000328560 3484 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 HAGLR-202ENST00000416928 4235 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 KLHL32-206ENST00000544166 2864 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 FAM13B-201ENST00000033079 5465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AAMP-204ENST00000444053 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC068987.4-201ENST00000562343 2094 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 KRBA2-202ENST00000396267 2562 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ARRB1-202ENST00000420843 3336 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 FAM9C-205ENST00000542843 5858 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 PLXNB2-207ENST00000449103 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC104982.3-201ENST00000581995 514 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 TXNL4A-212ENST00000592957 546 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AMT-256ENST00000638063 1783 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 RNASEH2C-201ENST00000308418 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 PRAME-214ENST00000543184 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 MAGED4B-211ENST00000497164 2482 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ALPL-206ENST00000539907 2241 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 GNG4-202ENST00000366598 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ERLIN1-202ENST00000407654 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AC020658.7-201ENST00000624274 2442 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ZSCAN16-AS1-201ENST00000600652 2163 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 L3MBTL1-204ENST00000418998 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 GAP43-202ENST00000393780 1901 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 MIR497HG-202ENST00000572453 3838 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 EYA4-205ENST00000430974 2364 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 DCAF8-201ENST00000326837 3972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 PPP3R1-201ENST00000234310 3023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 LONP1-202ENST00000540670 3002 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ELP4-228ENST00000640954 1612 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 SS18-201ENST00000269137 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 HMGA1-203ENST00000374116 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 NFATC4-226ENST00000556279 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 AL139158.3-201ENST00000641212 1562 ntBASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 ACAD8-201ENST00000281182 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 DAGLB-201ENST00000297056 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 MED12L-202ENST00000309237 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 WWTR1-203ENST00000465804 5030 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 METTL7B-201ENST00000394252 1506 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.21
CLDN9O95484 FIG4-201ENST00000230124 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.6 ms