Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 POLR2LP1-206ENST00000444785 187 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AK2-208ENST00000487289 920 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AC139493.2-202ENST00000510155 544 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 SAA2-206ENST00000530400 323 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 LINC00511-205ENST00000578206 908 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 POLR2F-213ENST00000606538 760 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CBR3-AS1-210ENST00000623484 392 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CBR3-AS1-215ENST00000624086 594 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 SH3D21-205ENST00000505871 2205 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CDH16-201ENST00000299752 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CUX1P39880 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
CUX1P39880 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ETNPPL-202ENST00000411864 2028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 OR2V1-204ENST00000641551 2423 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ARR3-201ENST00000307959 1292 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 OR7E12P-201ENST00000344740 973 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TXLNGY-202ENST00000407724 1000 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 Z82185.1-201ENST00000417792 549 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 KCNK15-AS1-202ENST00000427303 528 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 UGT1A12P-201ENST00000447084 853 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 GIMAP6-202ENST00000493969 876 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TGFBI-207ENST00000508076 1034 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 DTWD1-205ENST00000558653 1131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TNFRSF10A-204ENST00000613472 978 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 DANT2-201ENST00000430756 2079 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SNRPN-205ENST00000400100 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SYT4-205ENST00000590752 1765 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 STAMBP-204ENST00000409707 1649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TRIT1-214ENST00000537440 2026 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 LIMS4-204ENST00000632897 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SMUG1-220ENST00000513838 2119 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CUX1P39880 KRT26-201ENST00000335552 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC012358.2-201ENST00000430010 1434 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ZNF75A-205ENST00000574298 2347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SLC25A3-202ENST00000228318 1678 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PRSS16-203ENST00000421826 1949 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PLA2G2E-201ENST00000375116 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SNORD23-201ENST00000408876 110 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 DLGAP4-AS1-203ENST00000439595 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC103563.2-201ENST00000442200 597 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RBM14-205ENST00000443702 732 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 IGKV1OR2-108-201ENST00000453673 353 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC008440.1-201ENST00000455835 439 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ARHGEF26-AS1-203ENST00000480639 582 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CETN3-205ENST00000522842 664 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 DLX6-203ENST00000555308 666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MAFG-AS1-202ENST00000583492 969 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NRSN2-206ENST00000608736 712 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ATP5J2-PTCD1-201ENST00000413834 2491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 LAIR1-201ENST00000348231 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MORN4-201ENST00000307450 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 POTEM-201ENST00000547889 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MUC1-225ENST00000612778 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RFTN1-203ENST00000432519 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 VILL-202ENST00000383759 2787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 KLKP1-203ENST00000600104 1532 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 IZUMO1R-201ENST00000328458 798 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RFNG-202ENST00000429557 994 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 HDHD5-AS1-202ENST00000431923 616 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC019205.2-201ENST00000442007 1083 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PIGCP1-201ENST00000527583 895 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC025576.1-201ENST00000536455 462 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 BCDIN3D-AS1-202ENST00000549124 468 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AL136040.1-201ENST00000557775 601 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC007292.1-201ENST00000594444 746 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC092327.2-201ENST00000595705 901 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AL356740.1-201ENST00000602192 1297 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AL590556.2-202ENST00000636906 844 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 DPH2-202ENST00000396758 1738 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 ERICH1-206ENST00000522706 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AL390755.1-201ENST00000623716 2027 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RILPL2-201ENST00000280571 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CUX1P39880 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms