Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 CSRP2-201ENST00000311083 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 GRP-202ENST00000420468 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 GHRL-206ENST00000430179 856 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC103923.1-201ENST00000453229 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SNORA47-201ENST00000458862 138 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 TMCO3-207ENST00000474393 2843 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 TFG-208ENST00000490574 1696 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC114812.4-201ENST00000506676 757 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 CSRP2-203ENST00000547435 632 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC008622.3-201ENST00000621170 600 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SFTPA2-205ENST00000640627 195 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CUX1P39880 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 BOLL-203ENST00000392296 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 ATP1B3-201ENST00000286371 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AL008638.4-201ENST00000624792 1315 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 RBMXP1-201ENST00000408004 1191 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC138150.1-201ENST00000589950 570 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AC139100.2-201ENST00000616901 662 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 AL592295.3-201ENST00000637155 863 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 PRMT5-202ENST00000324366 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CUX1P39880 POU2F2-204ENST00000526816 3218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
CUX1P39880 RXRG-201ENST00000359842 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AK6-202ENST00000380822 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 Z98885.2-201ENST00000565177 1567 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AF013593.1-201ENST00000458074 1487 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 PDE4DIP-202ENST00000369347 1137 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 FTH1P18-201ENST00000412071 549 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CDKN2A-AS1-201ENST00000441769 823 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 RN7SL846P-201ENST00000467429 292 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AC004969.1-201ENST00000471553 578 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AC022784.6-202ENST00000523246 674 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AC073896.3-201ENST00000546789 437 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 SULT1A3-206ENST00000563322 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 SULT1A4-204ENST00000565290 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 INCA1-204ENST00000576820 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 LINC01012-203ENST00000628762 743 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 LINC00969-322ENST00000630170 584 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CUX1P39880 TPRX1-202ENST00000535759 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 EEF1G-201ENST00000329251 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 PIGT-203ENST00000372689 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 LINC02449-201ENST00000304751 795 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 FTHL17-201ENST00000359202 813 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 FUNDC1-201ENST00000378045 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 IGLV3-9-201ENST00000390316 461 ntAPPRIS P1 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 LINC02369-202ENST00000540745 801 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CARHSP1-208ENST00000567554 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AC100786.1-201ENST00000583018 513 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 DKKL1-202ENST00000594268 524 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 LINC01726-201ENST00000624692 1253 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AL513497.1-201ENST00000624273 2083 ntBASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CNGB1-202ENST00000311183 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 ZSCAN21-203ENST00000456748 1904 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CD8A-203ENST00000409511 3048 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CUX1P39880 ERICH6-201ENST00000295910 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 ERCC4-207ENST00000575156 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CKAP2-202ENST00000378034 1972 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 AC007240.1-201ENST00000641498 1996 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 XRCC6-202ENST00000360079 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 CLEC10A-202ENST00000416562 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 PKD1P6-NPIPP1-202ENST00000605794 2902 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 ZCCHC7-201ENST00000322831 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 KRT8P6-201ENST00000399259 1207 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
CUX1P39880 HFE-209ENST00000461397 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68 ms