Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMCH1Q9UPQ0 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms