Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN9P43378 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN9P43378 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms