Protein–RNA interactions for Protein: P42858

HTT, Huntingtin, humanhuman

Predictions only

Length 3,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HTTP42858 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HTTP42858 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HTTP42858 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HTTP42858 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
HTTP42858 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HTTP42858 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HTTP42858 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HTTP42858 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HTTP42858 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HTTP42858 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HTTP42858 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HTTP42858 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HTTP42858 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HTTP42858 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
HTTP42858 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HTTP42858 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HTTP42858 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
HTTP42858 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
HTTP42858 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HTTP42858 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HTTP42858 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HTTP42858 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HTTP42858 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HTTP42858 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HTTP42858 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HTTP42858 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HTTP42858 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HTTP42858 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HTTP42858 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HTTP42858 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HTTP42858 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HTTP42858 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HTTP42858 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HTTP42858 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HTTP42858 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HTTP42858 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
HTTP42858 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HTTP42858 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
HTTP42858 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HTTP42858 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HTTP42858 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HTTP42858 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HTTP42858 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HTTP42858 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HTTP42858 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HTTP42858 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HTTP42858 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HTTP42858 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HTTP42858 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HTTP42858 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HTTP42858 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HTTP42858 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HTTP42858 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HTTP42858 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms