Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX2P35548 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
MSX2P35548 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
MSX2P35548 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
MSX2P35548 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
MSX2P35548 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
MSX2P35548 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
MSX2P35548 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
MSX2P35548 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
MSX2P35548 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX2P35548 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX2P35548 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX2P35548 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX2P35548 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX2P35548 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX2P35548 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
MSX2P35548 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX2P35548 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX2P35548 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX2P35548 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX2P35548 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX2P35548 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX2P35548 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX2P35548 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX2P35548 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX2P35548 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX2P35548 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX2P35548 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX2P35548 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX2P35548 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX2P35548 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX2P35548 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
MSX2P35548 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX2P35548 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms