Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC30.32■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC30.32■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC30.29■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC30.29■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC30.28■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
HOXC9P31274 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC30.26■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC30.24■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC30.21■■■□□ 2.43
HOXC9P31274 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC30.2■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.18■■■□□ 2.42
HOXC9P31274 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms