Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VIMP08670 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VIMP08670 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VIMP08670 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VIMP08670 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VIMP08670 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VIMP08670 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VIMP08670 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VIMP08670 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VIMP08670 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VIMP08670 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VIMP08670 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VIMP08670 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VIMP08670 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VIMP08670 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VIMP08670 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VIMP08670 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VIMP08670 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VIMP08670 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VIMP08670 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VIMP08670 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VIMP08670 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VIMP08670 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VIMP08670 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
VIMP08670 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
VIMP08670 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VIMP08670 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
VIMP08670 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VIMP08670 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VIMP08670 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VIMP08670 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VIMP08670 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VIMP08670 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VIMP08670 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VIMP08670 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VIMP08670 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VIMP08670 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VIMP08670 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VIMP08670 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VIMP08670 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VIMP08670 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
VIMP08670 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VIMP08670 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VIMP08670 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
VIMP08670 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VIMP08670 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VIMP08670 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms