Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDC3O75056 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDC3O75056 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDC3O75056 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SDC3O75056 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDC3O75056 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDC3O75056 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDC3O75056 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDC3O75056 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDC3O75056 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDC3O75056 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDC3O75056 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDC3O75056 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDC3O75056 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDC3O75056 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDC3O75056 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDC3O75056 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SDC3O75056 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SDC3O75056 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDC3O75056 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDC3O75056 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDC3O75056 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDC3O75056 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDC3O75056 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDC3O75056 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDC3O75056 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDC3O75056 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SDC3O75056 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SDC3O75056 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SDC3O75056 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SDC3O75056 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SDC3O75056 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SDC3O75056 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SDC3O75056 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SDC3O75056 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SDC3O75056 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SDC3O75056 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SDC3O75056 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SDC3O75056 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SDC3O75056 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SDC3O75056 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
SDC3O75056 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SDC3O75056 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SDC3O75056 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDC3O75056 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms