Protein–RNA interactions for Protein: P29400

COL4A5, Collagen alpha-5(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,685 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A5P29400 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 DDC-AS1-201ENST00000454521 1776 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 MAGEA4-201ENST00000276344 1724 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 MPP6-202ENST00000396475 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 UBE2V1-222ENST00000557021 2258 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 SLC38A4-201ENST00000266579 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TICAM1-201ENST00000248244 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 DPPA5-201ENST00000370370 679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 REG3G-202ENST00000393897 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 RPL15-205ENST00000415719 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 YY1P2-201ENST00000438766 948 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 URB1-AS1-201ENST00000534991 831 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AC090907.2-201ENST00000559857 720 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AL031710.1-201ENST00000570022 468 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 CYB5D2-202ENST00000573984 495 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ZNF850-201ENST00000589390 523 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AL353622.2-201ENST00000605846 425 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TMPRSS2-201ENST00000332149 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 NICN1-201ENST00000273598 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 CDK3-201ENST00000425876 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 DDX59-206ENST00000447706 2900 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 PHF2-203ENST00000610682 2921 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ECI2-202ENST00000380118 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 SPRY1-208ENST00000622283 2352 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 MPZL3-204ENST00000527472 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TUBAL3-201ENST00000380419 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 FGF21-202ENST00000593756 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 RIDA-201ENST00000254878 1057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 CELA3A-201ENST00000290122 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 MANEA-202ENST00000369293 1076 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 DBNDD2-207ENST00000372722 1202 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ACOT6-201ENST00000381139 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 MED15P3-201ENST00000413613 326 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 DNM1P46-202ENST00000415963 882 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 HNRNPA1P25-201ENST00000422644 937 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AC011284.1-201ENST00000427920 856 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AL512288.1-201ENST00000448015 491 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 SNHG4-204ENST00000507197 865 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ZNF816-208ENST00000535506 529 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 PRR13-209ENST00000549924 625 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 GRAMD4P6-201ENST00000556999 244 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 IFI27L1-211ENST00000557066 580 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 RN7SL440P-201ENST00000577855 343 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 SMIM26-203ENST00000608034 670 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 CBR3-AS1-206ENST00000608632 659 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 MIR6893-201ENST00000613458 69 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 CRABP2-204ENST00000621784 1033 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 PTN-202ENST00000393083 1599 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 CASP8-202ENST00000264275 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 LINC01225-202ENST00000562339 2113 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 BIRC5-203ENST00000374948 2446 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 LYPLA1-202ENST00000343231 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TAGLN3-205ENST00000478951 1301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TUBB8P4-201ENST00000511806 1324 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 VASH2-205ENST00000366967 1206 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 SLC12A9-AS1-201ENST00000412754 369 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 HNRNPA3P12-201ENST00000437410 1063 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 HFE-209ENST00000461397 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 RN7SL173P-201ENST00000461853 292 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AC004893.2-203ENST00000482799 796 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 RPL29P2-201ENST00000488409 460 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 SULT1A3-206ENST00000563322 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 SULT1A4-204ENST00000565290 906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AC020922.4-201ENST00000621389 339 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AL353658.2-201ENST00000629794 519 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ADH1B-207ENST00000639454 1210 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AAMP-204ENST00000444053 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 AC093520.1-201ENST00000567545 1767 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 LINC02347-203ENST00000540774 1442 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 UBL7-206ENST00000565335 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
COL4A5P29400 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms