Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 SLC12A5-216ENST00000626701 617 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SLC26A8-201ENST00000355574 3463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AC138761.4-201ENST00000578881 1514 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CCDC51-202ENST00000412398 1385 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 WNT9B-202ENST00000393461 2654 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 MCRS1-201ENST00000343810 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 OR2A25-202ENST00000641441 1733 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SC5D-202ENST00000392789 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 BORCS8-202ENST00000462790 1429 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 LPAR5-201ENST00000329858 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 RPL3-202ENST00000401609 1289 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AC006987.1-201ENST00000413610 527 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 BX679664.3-201ENST00000414070 555 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SLC13A3-205ENST00000417157 876 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 UPK1A-AS1-201ENST00000443196 795 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 LINC00322-201ENST00000450205 699 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AC113935.1-201ENST00000471722 555 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ELP5-212ENST00000574255 671 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AC011474.2-201ENST00000579268 543 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 GABRA1-201ENST00000023897 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 PRKD2-202ENST00000433867 3321 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 MAPK12-203ENST00000395780 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CIART-201ENST00000290363 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 PDE4C-204ENST00000539010 1699 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 IRAK4-212ENST00000551736 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 TRIT1-214ENST00000537440 2026 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 MIR557-201ENST00000385239 98 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AL589843.1-201ENST00000423924 425 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AC012360.1-201ENST00000433219 674 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ALG1L13P-204ENST00000523017 765 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 TMEM14C-205ENST00000541412 1177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 AL049833.2-202ENST00000556773 626 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 NDUFB10P1-201ENST00000567319 521 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SLC34A1-201ENST00000324417 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 RIOK3-207ENST00000581585 1966 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SIAE-206ENST00000618733 1980 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 RNF123-202ENST00000432042 2670 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 LILRA2-203ENST00000391737 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 LINC01229-201ENST00000561510 1494 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 MAP2K4-201ENST00000353533 3826 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 EIF4G1-216ENST00000427845 5038 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CDYL-205ENST00000449732 2139 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CTSL-201ENST00000340342 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 DUT-208ENST00000559540 1441 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SMARCA1P28370 CENPO-202ENST00000380834 4386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.3 ms