Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 CDK17-201ENST00000261211 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 MAP3K4-201ENST00000348824 5295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 TAP2-201ENST00000374897 5684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CSRNP2-201ENST00000228515 4471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 IL12RB1-203ENST00000593993 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ANKS1B-208ENST00000547010 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 LINC01114-203ENST00000425879 2434 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AMT-201ENST00000273588 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC079447.1-201ENST00000424491 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 LDB3-207ENST00000542786 1889 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 TMEM87A-201ENST00000307216 1598 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 FAM167A-AS1-202ENST00000533578 1222 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SEMA4B-201ENST00000332496 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CUL7-203ENST00000535468 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SLC6A20-202ENST00000358525 5423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 TRMT2B-203ENST00000372939 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ATE1-202ENST00000369040 4803 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CPNE5-202ENST00000393189 2542 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ARHGEF26-202ENST00000465093 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC239799.1-201ENST00000612520 3411 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 HOXA3-207ENST00000612286 3396 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SFSWAP-210ENST00000541286 3219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SLC46A3-201ENST00000266943 3173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 C16orf45-202ENST00000452191 1865 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SLC52A1-203ENST00000512825 2989 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 THBD-201ENST00000377103 4109 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 DEK-202ENST00000397239 3427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SLC9B2-202ENST00000394785 3126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SLC20A2-208ENST00000520262 2992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 LDLRAD4-208ENST00000586765 844 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 GIT2-201ENST00000320063 2094 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PGBD2-202ENST00000355360 2879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SLC37A4-216ENST00000538950 2032 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 AC010247.2-201ENST00000559786 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 UBE2E2-202ENST00000396703 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 VWA8-201ENST00000281496 3475 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 FBXL16-201ENST00000324361 3411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 CCNJ-201ENST00000265992 4115 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 STARD8-202ENST00000374597 4820 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 SHPK-201ENST00000225519 3838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 REC8-213ENST00000620473 2405 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ZDHHC8-201ENST00000320602 3072 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PPP3R1-201ENST00000234310 3023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 TRPV6-201ENST00000359396 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ZNF691-206ENST00000372508 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 PLIN3-207ENST00000592528 2154 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 RTEL1-203ENST00000360203 4623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 MCRIP1-207ENST00000574190 2775 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 THUMPD3-AS1-202ENST00000468186 3253 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 LINC02135-201ENST00000599486 2065 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 RAB40A-201ENST00000304236 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 NCLP1-201ENST00000445357 1963 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 ARPC4-TTLL3-201ENST00000397256 2466 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
USP28Q96RU2 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms