Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5P4

COL4A3BP, Collagen type IV alpha-3-binding protein, humanhuman

Predictions only

Length 624 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3BPQ9Y5P4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3BPQ9Y5P4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3BPQ9Y5P4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms