Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIMCH1Q9UPQ0 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.88
LIMCH1Q9UPQ0 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
LIMCH1Q9UPQ0 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
LIMCH1Q9UPQ0 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMCH1Q9UPQ0 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms