Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

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Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SCN3AQ9NY46 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN3AQ9NY46 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
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