Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC29.39■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC29.39■■■□□ 2.3
ATG3Q9NT62 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC29.38■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC29.34■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
ATG3Q9NT62 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms