Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
SCN9AQ15858 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2
SCN9AQ15858 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
SCN9AQ15858 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN9AQ15858 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN9AQ15858 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN9AQ15858 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SCN9AQ15858 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SCN9AQ15858 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SCN9AQ15858 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SCN9AQ15858 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN9AQ15858 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SCN9AQ15858 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
SCN9AQ15858 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC27.56■■■□□ 2
SCN9AQ15858 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SCN9AQ15858 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SCN9AQ15858 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
SCN9AQ15858 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC27.53■■■□□ 2
SCN9AQ15858 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SCN9AQ15858 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
SCN9AQ15858 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
SCN9AQ15858 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC27.51■■■□□ 2
SCN9AQ15858 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
SCN9AQ15858 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SCN9AQ15858 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
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