Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SHMT2P34897 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SHMT2P34897 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 256.8 ms