Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SMARCA1P28370 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SMARCA1P28370 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SMARCA1P28370 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms