Protein–RNA interactions for Protein: O60260

PRKN, E3 ubiquitin-protein ligase parkin, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRKNO60260 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
PRKNO60260 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
PRKNO60260 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
PRKNO60260 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
PRKNO60260 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
PRKNO60260 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
PRKNO60260 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
PRKNO60260 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
PRKNO60260 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
PRKNO60260 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
PRKNO60260 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
PRKNO60260 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
PRKNO60260 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
PRKNO60260 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
PRKNO60260 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
PRKNO60260 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
PRKNO60260 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
PRKNO60260 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
PRKNO60260 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
PRKNO60260 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
PRKNO60260 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
PRKNO60260 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
PRKNO60260 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
PRKNO60260 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
PRKNO60260 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
PRKNO60260 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
PRKNO60260 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
PRKNO60260 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
PRKNO60260 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
PRKNO60260 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
PRKNO60260 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
PRKNO60260 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
PRKNO60260 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
PRKNO60260 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
PRKNO60260 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
PRKNO60260 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
PRKNO60260 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
PRKNO60260 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
PRKNO60260 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
PRKNO60260 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
PRKNO60260 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
PRKNO60260 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
PRKNO60260 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
PRKNO60260 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
PRKNO60260 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
PRKNO60260 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
PRKNO60260 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
PRKNO60260 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
PRKNO60260 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
PRKNO60260 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms