Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PCGF2-203ENST00000616129 1534 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC026904.3-201ENST00000636550 1530 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CEP128-201ENST00000216517 1606 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ODCP-201ENST00000459650 1639 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 NF2-209ENST00000403999 2999 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AL390778.2-201ENST00000420883 886 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC243961.1-201ENST00000432559 384 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 LINC00028-201ENST00000435497 587 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC245056.1-201ENST00000437631 384 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC108474.1-201ENST00000507776 421 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ALG1L6P-201ENST00000515248 758 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC022858.1-201ENST00000521685 685 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 C12orf73-210ENST00000552940 685 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CRTC3-AS1-202ENST00000559531 657 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 IRF3-225ENST00000600022 882 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CCL5-201ENST00000603197 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC025183.3-201ENST00000623526 1482 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SNX19-213ENST00000534726 1656 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC093797.1-201ENST00000411847 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC138761.6-201ENST00000583997 1423 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 NCF4-202ENST00000397147 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TBC1D27-202ENST00000424239 1573 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FAM167A-AS1-203ENST00000624614 1357 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 VEGFA-201ENST00000230480 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 BCL2L11-202ENST00000337565 720 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CCDC167-201ENST00000373408 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TCEA3-201ENST00000374601 1197 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AL355334.1-201ENST00000417713 215 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC018814.1-201ENST00000418972 357 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FLJ37035-201ENST00000419400 446 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC092573.1-201ENST00000433054 884 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SLC5A4-AS1-201ENST00000434942 876 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC020763.1-201ENST00000567186 551 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC011472.1-201ENST00000588634 569 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AL009176.1-201ENST00000607876 650 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC027559.1-203ENST00000635726 517 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CHD1L-211ENST00000639534 1144 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 GCK-204ENST00000403799 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC012617.1-204ENST00000586340 2305 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CDK2AP1-205ENST00000542174 1812 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CIART-201ENST00000290363 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TMPRSS4-211ENST00000522307 1634 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MBD4-201ENST00000249910 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CYP51A1P3-201ENST00000400072 1428 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ELP4-201ENST00000350638 1907 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MYBPHL-201ENST00000357155 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ANXA5-202ENST00000501272 1363 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PAX6-264ENST00000640125 1375 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CDC42SE2-202ENST00000395246 3485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 NFATC4-226ENST00000556279 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SEMA4D-204ENST00000420101 1837 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 C7orf61-201ENST00000332375 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PPM1N-201ENST00000396735 895 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PPM1N-208ENST00000456399 618 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
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