Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 SNHG21-204ENST00000559366 674 ntTSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.292e-12■□□□□ 9.4
SF3A3Q12874 SNHG21-205ENST00000561107 790 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.542e-12■□□□□ 9.4
SF3A3Q12874 SERPINA6-202ENST00000555056 1609 ntTSL 27.64□□□□□ -1.192e-12■□□□□ 9.4
SF3A3Q12874 SERPINA6-201ENST00000341584 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.53□□□□□ -1.22e-12■□□□□ 9.4
SF3A3Q12874 SCARNA15-201ENST00000607520 4325 ntBASIC5.23□□□□□ -1.572e-12■□□□□ 9.4
SF3A3Q12874 SCARNA15-202ENST00000516881 127 ntBASIC1.26□□□□□ -2.212e-12■□□□□ 9.4
SF3A3Q12874 DDB2-213ENST00000617847 1649 ntTSL 511.24□□□□□ -0.613e-6■□□□□ 9.4
SF3A3Q12874 DDB2-214ENST00000620515 347 ntTSL 37.47□□□□□ -1.213e-6■□□□□ 9.4
SF3A3Q12874 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.624e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.64e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP4K3-205ENST00000437545 3924 ntTSL 5 BASIC2.57□□□□□ -24e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.494e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP3K11-203ENST00000524856 3787 ntTSL 217.06■□□□□ 0.324e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.24e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP3K11-209ENST00000530949 546 ntTSL 415.36■□□□□ 0.054e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP3K11-207ENST00000529839 561 ntTSL 413.43□□□□□ -0.264e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP3K11-212ENST00000534110 585 ntTSL 412.53□□□□□ -0.44e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MAP3K11-204ENST00000526293 571 ntTSL 412.41□□□□□ -0.424e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RNF114-203ENST00000622999 2438 ntTSL 223.16■■□□□ 1.35e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RNF114-205ENST00000623732 569 ntTSL 522.16■■□□□ 1.145e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RNF114-208ENST00000625177 580 ntTSL 320.6■□□□□ 0.895e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.795e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.665e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 CSNK1D-216ENST00000581108 607 ntTSL 218.49■□□□□ 0.555e-20■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RNF114-204ENST00000623528 624 ntTSL 318.4■□□□□ 0.545e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RNF114-206ENST00000624620 565 ntTSL 217.11■□□□□ 0.335e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.275e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.225e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SEMA3B-201ENST00000416295 1088 ntTSL 516.26■□□□□ 0.195e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 GIGYF1-202ENST00000464111 656 ntTSL 316.11■□□□□ 0.175e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-209ENST00000448962 2384 ntTSL 216.06■□□□□ 0.165e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.115e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC14.68□□□□□ -0.065e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-202ENST00000391751 510 ntTSL 1 (best) BASIC12.63□□□□□ -0.395e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.445e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-206ENST00000436445 752 ntTSL 212.29□□□□□ -0.445e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-208ENST00000445961 944 ntTSL 512.29□□□□□ -0.445e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-204ENST00000391753 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.2□□□□□ -0.465e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 AK2-206ENST00000480134 811 ntTSL 2 BASIC12.16□□□□□ -0.465e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 AK2-212ENST00000550338 886 ntTSL 212.16□□□□□ -0.465e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RPS9-212ENST00000495002 956 ntTSL 1 (best)12.12□□□□□ -0.475e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 GLUD1-204ENST00000487058 409 ntTSL 37.76□□□□□ -1.175e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SLC38A2-204ENST00000548111 583 ntTSL 46.14□□□□□ -1.435e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SLC38A2-205ENST00000548236 865 ntTSL 25.07□□□□□ -1.65e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SLC38A2-202ENST00000546520 601 ntTSL 25.03□□□□□ -1.65e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SLC38A2-206ENST00000548785 578 ntTSL 34.57□□□□□ -1.685e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SLC38A2-212ENST00000552703 528 ntTSL 24.36□□□□□ -1.715e-8■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 TNRC6A-209ENST00000562829 277 ntTSL 214.51□□□□□ -0.091e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 TNRC6A-211ENST00000566108 454 ntTSL 311.14□□□□□ -0.631e-6■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 COL27A1-204ENST00000477421 3991 ntTSL 212.21□□□□□ -0.454e-12■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SOX2-OT-241ENST00000626948 836 ntTSL 511.58□□□□□ -0.565e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 GGCX-204ENST00000428479 533 ntTSL 411.31□□□□□ -0.65e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SOX2-OT-256ENST00000630482 1012 ntTSL 510.31□□□□□ -0.765e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 GGCX-202ENST00000421496 540 ntTSL 410.26□□□□□ -0.775e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SOX2-OT-201ENST00000460739 609 ntTSL 4 BASIC10.17□□□□□ -0.785e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SOX2-OT-215ENST00000493521 1239 ntTSL 3 BASIC9.81□□□□□ -0.845e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 GGCX-203ENST00000423570 1339 ntTSL 1 (best)9.76□□□□□ -0.855e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SOX2-OT-226ENST00000597347 1342 ntTSL 58.7□□□□□ -1.025e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SOX2-OT-214ENST00000493116 560 ntTSL 45.75□□□□□ -1.495e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RALGAPA1-215ENST00000556839 1305 ntTSL 35.2□□□□□ -1.585e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SOX2-OT-204ENST00000469278 561 ntTSL 43.66□□□□□ -1.825e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 RNU6-4P-201ENST00000384205 107 ntBASIC3.14□□□□□ -1.915e-10■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MED24-232ENST00000585249 511 ntTSL 412.27□□□□□ -0.455e-12■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MED24-217ENST00000577488 572 ntTSL 410.61□□□□□ -0.715e-12■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ENOSF1-210ENST00000581332 451 ntTSL 419.47■□□□□ 0.713e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 PEG3-203ENST00000594389 411 ntTSL 318.3■□□□□ 0.523e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 EIF3B-203ENST00000413917 962 ntTSL 217.99■□□□□ 0.473e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 PEG3-204ENST00000594706 583 ntTSL 315.92■□□□□ 0.143e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 P4HA1-205ENST00000440381 2790 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.136e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 AL121845.2-202ENST00000476221 446 ntTSL 515.74■□□□□ 0.113e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 TYK2-213ENST00000529739 842 ntTSL 215.07■□□□□ 03e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 EIF3B-204ENST00000431643 1074 ntTSL 515.02■□□□□ -03e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 P4HA1-201ENST00000263556 2844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.216e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 P4HA1-204ENST00000394890 2844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.216e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 DHX38-212ENST00000569935 907 ntTSL 213.34□□□□□ -0.273e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.313e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 AC022167.2-201ENST00000565934 2288 ntTSL 3 BASIC12.57□□□□□ -0.43e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 TYK2-221ENST00000592137 536 ntTSL 312.13□□□□□ -0.473e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 COL18A1-206ENST00000459895 588 ntTSL 311.87□□□□□ -0.513e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 SUPT16H-207ENST00000557394 2324 ntTSL 211.31□□□□□ -0.63e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ENOSF1-208ENST00000580605 699 ntTSL 311.25□□□□□ -0.613e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 TYK2-215ENST00000530560 558 ntTSL 310.52□□□□□ -0.733e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 P4HA1-202ENST00000307116 2727 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.776e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 P4HA1-203ENST00000373008 2727 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.776e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ROCK2-205ENST00000460262 597 ntTSL 49.68□□□□□ -0.861e-17■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 DYNC1H1-207ENST00000555800 474 ntTSL 28.86□□□□□ -0.993e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 PEG3-205ENST00000596261 570 ntTSL 47.85□□□□□ -1.153e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 TYK2-208ENST00000527481 628 ntTSL 37.65□□□□□ -1.183e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 LARP1-205ENST00000518595 773 ntTSL 26.82□□□□□ -1.323e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 EIF3B-205ENST00000463026 633 ntTSL 26.04□□□□□ -1.443e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ARHGAP18-201ENST00000368149 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.493e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 GNL3-212ENST00000497356 523 ntTSL 25.14□□□□□ -1.593e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 PLOD2-203ENST00000460520 530 ntTSL 35.06□□□□□ -1.63e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 TTC3-213ENST00000469939 739 ntTSL 24.79□□□□□ -1.643e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ARHGAP18-202ENST00000463225 464 ntTSL 34.55□□□□□ -1.683e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 DYNC1H1-202ENST00000553423 539 ntTSL 44.35□□□□□ -1.713e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 MRPL52-209ENST00000553965 327 ntTSL 23.71□□□□□ -1.823e-13■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ARHGAP18-203ENST00000483367 460 ntTSL 33.67□□□□□ -1.823e-7■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ROCK2-208ENST00000493096 461 ntTSL 23.21□□□□□ -1.91e-17■□□□□ 9.3
SF3A3Q12874 ERMP1-205ENST00000487088 2799 ntTSL 523.36■■□□□ 1.334e-6■□□□□ 9.3
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