Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MAL-204ENST00000354078 831 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PHBP10-201ENST00000416467 784 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AL513211.1-201ENST00000429053 483 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PMEL-214ENST00000550447 901 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CUX1P39880 SRP14-208ENST00000560773 468 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
CUX1P39880 MIR4326-201ENST00000582203 59 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 NECTIN1-203ENST00000341398 1377 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ERLIN1-202ENST00000407654 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ZNF575-202ENST00000458714 2285 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PPP1R32-201ENST00000338608 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 JPT1-202ENST00000356033 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PBX3-201ENST00000342287 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 FDPSP7-201ENST00000429043 1054 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 GPX3-202ENST00000517973 612 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PRSS55-203ENST00000522210 1005 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 RBM4-211ENST00000530235 1011 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 MKRN3-202ENST00000564592 629 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 SEPT14P19-201ENST00000587432 336 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PDCD6-213ENST00000618970 931 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CUX1P39880 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 CLUL1-202ENST00000400606 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 RHD-209ENST00000568195 1467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 EDN1-201ENST00000379375 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ADORA2A-AS1-201ENST00000326341 2557 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 CCNE2-201ENST00000308108 2724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 TGOLN2-204ENST00000409015 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PROK2-201ENST00000295619 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 TXNL4B-203ENST00000426362 965 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 RNU1-80P-201ENST00000459500 161 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 BCL2L12P1-201ENST00000508390 733 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 C11orf45-202ENST00000524878 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 RPL18-205ENST00000549273 1036 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AL139316.1-201ENST00000555643 568 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AC019294.2-203ENST00000569596 594 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 MIR4254-201ENST00000581063 76 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ASNA1-205ENST00000611688 1214 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 LOXHD1-203ENST00000398686 1958 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 MAD2L1BP-202ENST00000451025 1517 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 STK33-203ENST00000396672 2558 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ZNF34-201ENST00000343459 1901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ZNF34-202ENST00000429371 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AGPAT1-205ENST00000395497 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ATP5C1-201ENST00000335698 1078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AL355482.2-201ENST00000428646 1145 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AL121987.1-201ENST00000435580 645 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AC011995.2-201ENST00000452701 574 ntTSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AC022274.1-201ENST00000467082 490 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 CTBP2P6-201ENST00000526402 1229 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ACY3-202ENST00000529256 933 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 DUT-207ENST00000559416 635 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AP005899.1-201ENST00000579467 544 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 TUBB8P4-201ENST00000511806 1324 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ELOA2-202ENST00000620522 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 DSTN-203ENST00000474024 1853 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 GFI1B-207ENST00000636137 1870 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CUX1P39880 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CUX1P39880 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 FAM9B-201ENST00000327220 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 KRTAP2-3-201ENST00000391418 875 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC009053.1-204ENST00000429810 2355 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 TCL1A-209ENST00000557043 980 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 AC018845.3-201ENST00000562536 516 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 MYMX-201ENST00000573382 817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CUX1P39880 YWHAE-212ENST00000575977 540 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms