Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 BMI1-201ENST00000376663 3428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 CSRP1-202ENST00000367306 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ERP29-202ENST00000455836 1333 ntTSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 TMEM145-203ENST00000598766 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 NCR1-204ENST00000357397 594 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 GAPDH-203ENST00000396858 1292 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AC078882.1-201ENST00000436132 416 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 DPY19L2P4-201ENST00000479881 442 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SLC25A3-206ENST00000547534 556 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 FAM187B2P-201ENST00000577135 713 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AC132825.4-202ENST00000578792 434 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SRP19-208ENST00000621420 1270 ntTSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 TFG-208ENST00000490574 1696 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 GPR45-201ENST00000258456 1307 ntAPPRIS P1 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 KRT8P38-201ENST00000441370 1430 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 TJP3-207ENST00000589378 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 LHFPL1-201ENST00000371968 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 MAGEH1-201ENST00000342972 1462 ntAPPRIS P1 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 CCL17-201ENST00000219244 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 U3.5-201ENST00000363448 216 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 UCN3-201ENST00000380433 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 MPV17-207ENST00000403262 665 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 RN7SL351P-201ENST00000469306 248 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ZNF235-203ENST00000589248 532 ntTSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AL008638.4-201ENST00000624792 1315 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 TGM6-202ENST00000381423 2158 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 BBS1-202ENST00000393994 1790 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ARMCX6-208ENST00000539247 1928 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 LINC00449-201ENST00000366259 872 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ACTBP9-201ENST00000587663 1099 ntBASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 USE1-207ENST00000596136 637 ntTSL 1 (best) BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 LINC00969-241ENST00000600527 852 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AL035427.1-201ENST00000602441 387 ntTSL 3 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 LINC00969-322ENST00000630170 584 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC14.87□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 TTC23L-203ENST00000505624 1353 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 RNASEH2CP1-201ENST00000454281 502 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SRPK2P-201ENST00000523408 1100 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SMIM28-201ENST00000573100 855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 PRR20FP-201ENST00000603320 180 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AC112220.4-201ENST00000604982 1263 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SMIM26-203ENST00000608034 670 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ART3-201ENST00000341029 1517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ALG3-205ENST00000445626 1533 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 CPNE2-204ENST00000565874 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 PSMC5-212ENST00000581882 1474 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 HLA-DMB-258ENST00000418107 1397 ntAPPRIS P1 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 MIR1226-201ENST00000408658 75 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 CCND3P1-201ENST00000438347 580 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AL356218.1-201ENST00000450864 353 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 TMA16-204ENST00000508268 608 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ALG10B-203ENST00000551464 571 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 MT3-202ENST00000561640 514 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.63-201ENST00000617144 298 ntBASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 LINC01398-202ENST00000634819 1292 ntTSL 5 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 EFHB-202ENST00000344838 2389 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC14.86□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 NR1H4-203ENST00000392986 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 APOBEC3A-201ENST00000249116 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 OR52V1P-201ENST00000515557 898 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 DUT-208ENST00000559540 1441 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 AC007292.1-201ENST00000594444 746 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 Z98885.3-201ENST00000624882 1757 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 SLC13A5-202ENST00000381074 1738 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CHD9Q3L8U1 MICB-201ENST00000252229 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
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