Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 AC012183.1-201ENST00000625197 499 ntBASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 NCOR2-204ENST00000405201 8533 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 ALG1-204ENST00000588623 2671 ntTSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 CCDC88A-204ENST00000413716 9586 ntTSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 POM121-201ENST00000358357 5320 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 MIR193BHG-211ENST00000641433 5365 ntBASIC11.78□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 STK40-201ENST00000359297 4837 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.52
HOXA3O43365 SYBU-207ENST00000433638 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 RPS16-202ENST00000339471 643 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 AC012360.1-201ENST00000433219 674 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 NKX3-1-202ENST00000523261 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SIRT3-210ENST00000529382 1225 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 MIR4754-201ENST00000582477 89 ntBASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 U62317.3-201ENST00000608319 855 ntBASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 ARL16-215ENST00000622299 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 LINC00969-254ENST00000625358 962 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 BANP-203ENST00000393207 2438 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 FH-201ENST00000366560 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 BMP1-203ENST00000354870 3989 ntTSL 5 BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SYNGR1-203ENST00000328933 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 FAM30A-205ENST00000630242 9612 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 B3GAT2-201ENST00000230053 6565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 TTC7A-202ENST00000394850 4306 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 FBLN2-203ENST00000404922 4318 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SYNGAP1-203ENST00000428982 4339 ntTSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 ASAP1-202ENST00000518721 5507 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 TARSL2-201ENST00000335968 3610 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 GCC1-201ENST00000321407 4149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 CRB3-201ENST00000308243 631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.53
HOXA3O43365 ARL16-201ENST00000397498 1227 ntTSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms