Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MAX-211ENST00000555667 574 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SMAGP-203ENST00000603798 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MCRS1-201ENST00000343810 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PRIMPOL-211ENST00000515774 2007 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 DDO-202ENST00000368924 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FAAP100-201ENST00000327787 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LRIF1-202ENST00000485275 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SRPX-205ENST00000538295 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SLC6A2-205ENST00000566163 1759 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MAPK4-201ENST00000400384 4770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 KLHL13-207ENST00000540167 3396 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LDB3-207ENST00000542786 1889 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MYRF-203ENST00000389602 2052 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS6-203ENST00000406725 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CNOT9-201ENST00000273064 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 DLGAP4-202ENST00000340491 2392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 GOLIM4-202ENST00000470487 4373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AFAP1-203ENST00000382543 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SHPK-201ENST00000225519 3838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MCHR1-201ENST00000249016 2851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 THUMPD3-AS1-202ENST00000468186 3253 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 DSN1-203ENST00000373750 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FGFR1-202ENST00000335922 4157 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CENPBD1-201ENST00000314994 2744 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MAP3K12-205ENST00000547488 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SWAP70-201ENST00000318950 4882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FIG4-201ENST00000230124 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SGK3-208ENST00000521198 3306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SETD6-203ENST00000394266 3423 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL035414.1-201ENST00000451327 857 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TAF12-201ENST00000263974 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC068760.1-201ENST00000493579 1953 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CLPB-209ENST00000538039 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 GRIK4-208ENST00000638419 3593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ARRDC4-201ENST00000268042 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TMEM132E-203ENST00000631683 4379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 POLRMT-202ENST00000588649 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 EPHX2-207ENST00000521400 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 TRPV6-201ENST00000359396 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 REC8-213ENST00000620473 2405 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SRA1-201ENST00000336283 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 KRT36-202ENST00000393986 1707 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 RAD23A-209ENST00000592268 1526 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PUDP-203ENST00000424830 1334 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 ACTN2-206ENST00000542672 4906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 PRAME-214ENST00000543184 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL139193.2-201ENST00000553712 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 RUBCNL-204ENST00000378797 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC022007.1-201ENST00000383808 1897 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 GALC-206ENST00000544807 2528 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 INPP5E-201ENST00000371712 3394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 LDB3-209ENST00000623056 2314 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FAM8A4P-201ENST00000435433 1213 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
LIMA1Q9UHB6 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms