Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 IZUMO1-201ENST00000332955 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CUX1P39880 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CALML6-201ENST00000307786 1101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 BCAS2-201ENST00000369541 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PRR23A-201ENST00000383163 801 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 VPREB1-202ENST00000403807 755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 Z82198.1-201ENST00000447396 437 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PLSCR1-202ENST00000448787 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 GULOP-201ENST00000454030 748 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 COQ10BP2-201ENST00000513804 724 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC113385.2-201ENST00000614465 762 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 TMEM182-201ENST00000409173 3198 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CUX1P39880 GLIPR1L2-201ENST00000320460 1729 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 BARX1-AS1-201ENST00000453045 1445 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 TMEM14B-201ENST00000379530 787 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 SKA1-202ENST00000398452 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC027612.2-202ENST00000445955 1199 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CLDN25-201ENST00000453129 754 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC092612.1-201ENST00000514501 998 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC113133.1-201ENST00000522388 1088 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 NAV2-AS2-201ENST00000533767 782 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 KLKP1-202ENST00000597246 1125 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PSMA6-217ENST00000628955 364 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CBX6-201ENST00000216083 3191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CUX1P39880 HCK-209ENST00000538448 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 METTL7B-201ENST00000394252 1506 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MECP2-217ENST00000628176 1712 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 RPL10L-201ENST00000298283 812 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 DERL3-202ENST00000318109 860 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 SUMO4-201ENST00000326669 1066 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 HDAC8-204ENST00000373560 819 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 SERBP1P2-201ENST00000436888 1164 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PILRA-205ENST00000453419 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 VDAC1P11-201ENST00000458323 852 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 HNRNPA3P6-201ENST00000472163 1006 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MRAS-205ENST00000474559 856 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 BAK1P2-201ENST00000532665 631 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 ZNF571-AS1-204ENST00000587121 822 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 FAAP24-203ENST00000589646 836 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC016586.1-201ENST00000600056 684 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC004686.1-201ENST00000605113 538 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 HIST1H3B-201ENST00000621411 411 ntAPPRIS P1 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AL139158.3-201ENST00000641212 1562 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 SELENOV-202ENST00000423711 1701 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 FBXL12-201ENST00000247977 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CUX1P39880 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 PAK3-208ENST00000446737 2550 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 CDCA7-203ENST00000410019 1488 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 DIRAS3-201ENST00000370981 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 RNA5SP491-201ENST00000362936 118 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 RHOC-205ENST00000369636 786 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 TMEM95-202ENST00000389982 1191 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 RPS9-202ENST00000391751 510 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 KRTAP10-9-201ENST00000397911 1171 ntAPPRIS P2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 HIST1H2APS2-201ENST00000454426 370 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AL121796.1-201ENST00000505702 466 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 NPAS3-209ENST00000551008 1002 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AC073896.4-201ENST00000553176 403 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 Metazoa_SRP.75-201ENST00000614439 293 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 GARS-210ENST00000627489 324 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 AL807740.1-201ENST00000636971 567 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CUX1P39880 MAOB-201ENST00000378069 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms