Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC018814.1-201ENST00000418972 357 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC108474.1-201ENST00000507776 421 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AL132994.1-201ENST00000554098 400 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC025048.2-201ENST00000590744 786 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 BAP1-211ENST00000615113 489 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC002472.4-201ENST00000641915 272 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MCRS1-201ENST00000343810 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SAT1-201ENST00000379251 801 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SAT1-202ENST00000379253 909 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SAT1-203ENST00000379254 868 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SAT1-204ENST00000379270 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 Z69890.1-201ENST00000382990 339 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 STK16-203ENST00000409516 895 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AL391839.2-201ENST00000412085 383 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HMGA1P1-201ENST00000415560 1062 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HORMAD2-AS1-202ENST00000432568 727 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RN7SL767P-201ENST00000493013 295 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RPS23-204ENST00000507980 836 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC093826.1-201ENST00000508655 993 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AP003398.1-201ENST00000531124 318 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC136944.4-201ENST00000568893 660 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MIR4265-201ENST00000582152 99 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MIR4472-1-201ENST00000584349 80 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LINC02081-203ENST00000591384 867 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SERPINB6-206ENST00000380546 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 NCF4-202ENST00000397147 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ELP4-201ENST00000350638 1907 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 OLFML3-203ENST00000393300 1961 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CPNE2-204ENST00000565874 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 BOLL-203ENST00000392296 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HERPUD1-203ENST00000379792 1782 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AGAP9-201ENST00000452145 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CTHRC1-202ENST00000415886 571 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SLC5A4-AS1-201ENST00000434942 876 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ATP1A4-205ENST00000470705 886 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 FABP5P3-202ENST00000477993 1027 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 TNNI1-205ENST00000555948 580 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC145285.5-201ENST00000562217 361 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SNORD3B-1-201ENST00000577988 758 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AP005264.5-201ENST00000590066 467 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MME-218ENST00000625667 363 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ADORA2A-AS1-201ENST00000326341 2557 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LINC02396-202ENST00000550636 2324 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HNRNPUL1-201ENST00000263367 2952 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 TGOLN2-204ENST00000409015 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MBD3L3-201ENST00000333843 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 FTCDNL1-203ENST00000420922 772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC006529.1-201ENST00000459978 637 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 DMKN-256ENST00000492341 738 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC084752.1-201ENST00000509766 622 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 NT5C-204ENST00000578337 582 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PSMD5-208ENST00000625444 219 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 TREX1-206ENST00000629913 945 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 FAM86B1-203ENST00000448228 2096 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 C12orf65-204ENST00000429587 1326 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 UPK1A-203ENST00000616789 1366 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PAX6-264ENST00000640125 1375 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 114.1 ms