Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 GNPNAT1-203ENST00000554230 2238 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 GRIN1-202ENST00000371546 4114 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CPNE5-202ENST00000393189 2542 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 DEK-202ENST00000397239 3427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 GRWD1-201ENST00000253237 5571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 LIMD1-202ENST00000440097 2773 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MAD2L1-201ENST00000296509 5468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 DDC-213ENST00000617822 1809 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ACTR2-202ENST00000377982 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RUFY4-201ENST00000344321 2352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 NACC2-202ENST00000371753 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MPRIP-202ENST00000341712 3846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 KCNV1-201ENST00000297404 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC090643.2-201ENST00000623442 2029 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SLC1A1-201ENST00000262352 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ZC3H18-201ENST00000301011 3729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 LRRFIP2-202ENST00000354379 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 FAM219A-207ENST00000379089 3624 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 UQCRFS1-201ENST00000304863 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MTMR9-201ENST00000221086 7481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PCDHB18P-202ENST00000526308 3197 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MKS1-201ENST00000313863 2091 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC10-201ENST00000291574 6976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC040174.1-201ENST00000563003 2571 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 VCP-201ENST00000358901 4370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PFAS-201ENST00000314666 5371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 HIPK1-205ENST00000369558 8157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MEX3B-202ENST00000558133 4333 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 GMIP-201ENST00000203556 3538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 IRAK3-201ENST00000261233 8663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 NOL9-201ENST00000377705 6649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 TUNAR-201ENST00000503525 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 SPAST-201ENST00000315285 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 MTSS1-216ENST00000524090 2166 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 ASAP3-202ENST00000437606 2865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 MLX-202ENST00000346833 2334 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 LDHAL6A-201ENST00000280706 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 PARVB-201ENST00000338758 5429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 PLXNB2-201ENST00000359337 6335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 ACTG1-206ENST00000573283 2002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 CRTC1-202ENST00000338797 6929 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 AAR2-202ENST00000373932 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 GRIP2-204ENST00000619221 7977 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 SMARCA4-202ENST00000413806 5512 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 FOXP3-204ENST00000455775 2448 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 DISP3-201ENST00000294484 5215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 FAM98A-201ENST00000238823 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 TIPARP-201ENST00000295924 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 KLHL8-201ENST00000273963 5621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 NR4A1-202ENST00000360284 2589 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 SPATA20-227ENST00000634597 2587 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC112Q8NEF3 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms