Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CTNND2-202ENST00000458100 1962 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 DSG1-202ENST00000462981 1857 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CHRNA1-203ENST00000409219 1466 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 MT1H-201ENST00000332374 397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC100778.2-201ENST00000580150 483 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AP005212.2-201ENST00000584979 510 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AL009176.1-201ENST00000607876 650 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 RASAL1-207ENST00000548055 2502 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 VIPAS39-208ENST00000556412 1832 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PSMC4-202ENST00000455878 1333 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 SHMT2-203ENST00000449049 2121 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PAX6-264ENST00000640125 1375 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 SYNGR1-204ENST00000381535 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ZNF286A-201ENST00000395893 654 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PSAT1P2-201ENST00000426107 972 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 HNRNPA1P2-207ENST00000432375 960 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 GS1-124K5.4-201ENST00000445681 540 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC106869.1-201ENST00000448713 577 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC008026.2-201ENST00000495438 348 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 GDNF-207ENST00000515058 764 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC009779.3-204ENST00000549424 367 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 MBP-238ENST00000580402 915 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 KXD1-211ENST00000599319 707 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 UBASH3A-203ENST00000398367 1733 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 METTL6-202ENST00000383790 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ZNF436-AS1-201ENST00000335648 2547 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 FAM149A-203ENST00000389354 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 LINC00299-202ENST00000442956 2342 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 TNNT1-202ENST00000356783 934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 IFNLR1-204ENST00000374419 953 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 HLA-DRB5-201ENST00000374975 1260 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 OR10N1P-201ENST00000392758 869 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 KRTAP10-5-201ENST00000400372 1150 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 LINC01656-201ENST00000415702 630 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 APCDD1L-AS1-206ENST00000445984 566 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 APCDD1L-AS1-208ENST00000448374 546 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 LAMTOR4-209ENST00000488241 613 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 IGHEP2-201ENST00000519308 1256 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AP000769.1-203ENST00000637245 208 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 TBC1D10B-201ENST00000409939 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 TNNI2-201ENST00000252898 678 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 NPPA-202ENST00000376480 855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 TNNI2-202ENST00000381905 706 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 TNNI2-203ENST00000381906 745 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 TNNI2-204ENST00000381911 743 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 KRT18P4-201ENST00000422599 1288 ntBASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 HLA-DPA2-205ENST00000433582 733 ntBASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 AL353658.1-201ENST00000436263 789 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 AC090152.1-203ENST00000517898 1106 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 AC108471.2-201ENST00000533736 1061 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 AC011603.2-203ENST00000547387 897 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 CEP95-212ENST00000581056 903 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 ANAPC11-221ENST00000584314 559 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 ATF7-212ENST00000591397 860 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SCN9AQ15858 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
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