Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 FMR1-203ENST00000370470 1774 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AC021683.1-201ENST00000585798 1767 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 TAF12-201ENST00000263974 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AC064801.2-201ENST00000625052 1303 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 TOMM22-201ENST00000216034 2040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 ZDHHC4-201ENST00000335965 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 RPL3-202ENST00000401609 1289 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 GGCT-203ENST00000409144 836 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 BANF1P3-201ENST00000412556 261 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 RNF144A-AS1-203ENST00000426122 579 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AC008723.1-201ENST00000506922 207 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 GGCT-201ENST00000005374 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 TSHR-205ENST00000554263 1184 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 TSHR-206ENST00000554435 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AL049833.2-202ENST00000556773 626 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AC093752.3-201ENST00000567343 901 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 HS3ST3A1-202ENST00000578576 750 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 PIN1-207ENST00000588695 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AC104506.1-201ENST00000609247 429 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 MIR6074-201ENST00000612054 107 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 AC009975.2-202ENST00000634539 854 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SOX4Q06945 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 BCAR1-207ENST00000538440 3192 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LAP3P2-201ENST00000454686 1454 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TLE3-203ENST00000451782 2356 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 HIF3A-206ENST00000472815 1709 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FAM90A2P-201ENST00000511144 1395 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FAM90A25P-201ENST00000528404 1395 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ARMCX6-208ENST00000539247 1928 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 HINT2P1-201ENST00000419438 481 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AL080250.1-201ENST00000438676 445 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 DUX4L50-201ENST00000455245 715 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PCMTD1-207ENST00000522514 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LTBR-209ENST00000541102 1084 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NAT9-220ENST00000582870 896 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AL591471.1-201ENST00000621855 229 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC128714.1-201ENST00000637035 887 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SERPINA3-203ENST00000467132 2660 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CBX6-201ENST00000216083 3191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CRYL1-201ENST00000298248 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 BLOC1S6-212ENST00000566753 1996 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 GNPNAT1-203ENST00000554230 2238 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.2 ms