Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TBC1D22A-201ENST00000337137 3787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MAP4-204ENST00000395734 5590 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CNN2-201ENST00000263097 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TGM6-202ENST00000381423 2158 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CNN2-205ENST00000562958 2194 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS6-201ENST00000346753 3197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PCDHA5-201ENST00000529619 4157 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LYN-204ENST00000520220 5808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 WARS-203ENST00000358655 2466 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 HNRNPUL1-204ENST00000392006 3555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RET-205ENST00000615310 4337 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SLC46A1-208ENST00000618626 5363 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RNF145-212ENST00000611185 3624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SYMPK-214ENST00000599814 6537 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NARFL-202ENST00000540986 3212 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 COL6A2-202ENST00000310645 3446 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NFKB2-204ENST00000428099 3416 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 IRS1-201ENST00000305123 9705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 POU6F1-208ENST00000550824 2664 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NUMA1-233ENST00000616538 6998 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC068888.1-207ENST00000546793 2863 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CFAP65-208ENST00000453220 5877 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 WNT5A-201ENST00000264634 6176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TMEM131L-202ENST00000409663 5017 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LDB3-202ENST00000361373 5297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GCOM2-201ENST00000509133 1104 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PAPSS2-201ENST00000361175 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS13-202ENST00000356589 4349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC093520.1-201ENST00000567545 1767 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MAP3K4-203ENST00000366920 5445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 BPI-201ENST00000262865 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SNX33-201ENST00000308527 8008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 HEATR3-201ENST00000299192 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SP6-201ENST00000342234 3800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS2-201ENST00000307641 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 KCND3-201ENST00000302127 2659 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 DNAI1-209ENST00000614641 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.2 ms