Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 ZNF226-201ENST00000300823 817 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 CFAP36-203ENST00000403007 759 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 AC092573.1-201ENST00000433054 884 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 ALG1L7P-201ENST00000502317 768 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 MYL6-218ENST00000550697 901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 AC006548.2-201ENST00000605217 529 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 BLACE-202ENST00000616210 540 ntAPPRIS P1 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 AC005885.1-204ENST00000637885 2885 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 SLC4A1-206ENST00000631130 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 CEP295NL-201ENST00000322630 2090 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 FAM86C1-201ENST00000346333 2010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 MICB-201ENST00000252229 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 SEC61B-201ENST00000223641 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 PGAM2-201ENST00000297283 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 AC073210.1-201ENST00000414799 232 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 SEC61B-203ENST00000498603 587 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 AP003031.2-205ENST00000531263 683 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 AC012174.1-201ENST00000562349 714 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 AL136982.5-201ENST00000605222 294 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 ANKRD36C-208ENST00000619511 737 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 PSMG2-201ENST00000317615 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 NFATC4-226ENST00000556279 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CT55-201ENST00000276241 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 WDSUB1-201ENST00000358147 1535 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 FAM96A-203ENST00000557835 1536 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 RPRD2-201ENST00000369067 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC083801.1-201ENST00000491689 358 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC111149.2-202ENST00000518355 599 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC090001.1-201ENST00000553194 467 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PPCDC-206ENST00000564923 757 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 APOC4-202ENST00000592954 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 Metazoa_SRP.157-201ENST00000622819 262 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CIART-201ENST00000290363 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PDE8B-205ENST00000346042 3276 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 HTR3E-205ENST00000436361 1371 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 RIOK3-207ENST00000581585 1966 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ZNF556-202ENST00000586426 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 HIST1H2BJ-201ENST00000339812 381 ntAPPRIS P1 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 MIR1301-201ENST00000408518 82 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AL451105.2-201ENST00000413763 1234 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AL512599.1-201ENST00000430724 685 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AL353150.1-201ENST00000456944 583 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 PRSS3P1-201ENST00000503996 742 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 SERGEF-208ENST00000528200 1264 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AL359091.4-201ENST00000610052 409 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CD79B-201ENST00000006750 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 LUC7L2-208ENST00000541170 1525 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 NIPA1-207ENST00000561183 1675 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 COX4I1-208ENST00000564903 1481 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ARL1-202ENST00000536227 1322 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 ZNF460-202ENST00000537645 2037 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 RRAGA-201ENST00000380527 1589 ntAPPRIS P1 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CYB5D2-203ENST00000575251 1588 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CST5-201ENST00000304710 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SCN9AQ15858 CDKN2C-202ENST00000371761 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.1 ms