Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ELMSAN1-208ENST00000476562 5314 ntTSL 221.22■□□□□ 0.993e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 ELMSAN1-206ENST00000451078 2633 ntTSL 1 (best)21.04■□□□□ 0.963e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NT5C3B-216ENST00000523903 1534 ntTSL 1 (best)20.49■□□□□ 0.873e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.813e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.733e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NT5C3B-201ENST00000393910 1253 ntTSL 218.96■□□□□ 0.633e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.443e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.413e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.393e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.373e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.353e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.313e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NT5C3B-206ENST00000469698 1573 ntTSL 316.77■□□□□ 0.283e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 ELMSAN1-205ENST00000435371 3839 ntTSL 1 (best)15.8■□□□□ 0.123e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 ELMSAN1-207ENST00000462716 4726 ntTSL 215.55■□□□□ 0.083e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NT5C3B-202ENST00000415460 730 ntTSL 515.54■□□□□ 0.083e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.033e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 KAZALD1-204ENST00000477267 1096 ntTSL 514.74□□□□□ -0.053e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC13.79□□□□□ -0.23e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 ELMSAN1-204ENST00000423556 3547 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.373e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NCOA6-201ENST00000359003 7081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.413e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SPG7-215ENST00000566682 756 ntTSL 312.49□□□□□ -0.413e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 RPL29-208ENST00000492277 537 ntTSL 312.41□□□□□ -0.423e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NT5C3B-213ENST00000517701 1028 ntTSL 211.8□□□□□ -0.523e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SF3B2-216ENST00000534765 3932 ntTSL 210.14□□□□□ -0.793e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NEK3-204ENST00000552973 941 ntTSL 59.79□□□□□ -0.843e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 TBCK-218ENST00000511011 560 ntTSL 49.78□□□□□ -0.843e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 AMD1-202ENST00000368877 1605 ntTSL 2 BASIC9.28□□□□□ -0.923e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 RPL29-201ENST00000294189 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.98□□□□□ -0.973e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 TBCK-220ENST00000515705 592 ntTSL 58.92□□□□□ -0.983e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SF3B2-210ENST00000530981 1080 ntTSL 58.47□□□□□ -1.053e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 MGAT4B-206ENST00000518867 732 ntTSL 58.26□□□□□ -1.093e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 FOPNL-206ENST00000573968 2039 ntTSL 2 BASIC7.92□□□□□ -1.143e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 STRN3-208ENST00000556577 514 ntTSL 57.7□□□□□ -1.183e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NCOA6-204ENST00000471897 858 ntTSL 27.64□□□□□ -1.193e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 AMD1-207ENST00000612642 4745 ntTSL 1 (best)7.64□□□□□ -1.193e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 RPL29-205ENST00000480306 719 ntTSL 27.38□□□□□ -1.233e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NCOA6-202ENST00000374796 9311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.28□□□□□ -1.243e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 AMD1-203ENST00000368882 3059 ntTSL 2 BASIC7.26□□□□□ -1.253e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SEC31A-230ENST00000510167 857 ntTSL 47.09□□□□□ -1.273e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 FOPNL-201ENST00000255759 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.03□□□□□ -1.283e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NCOA6-209ENST00000628752 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 57.02□□□□□ -1.293e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 AMD1-205ENST00000451850 3121 ntTSL 1 (best)6.81□□□□□ -1.323e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 AMD1-208ENST00000619590 4329 ntTSL 26.43□□□□□ -1.383e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 AMD1-201ENST00000368876 3040 ntTSL 5 BASIC6.38□□□□□ -1.393e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 AMD1-204ENST00000368885 3438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.09□□□□□ -1.433e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SEC31A-212ENST00000503226 613 ntTSL 35.85□□□□□ -1.473e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SEC31A-234ENST00000512664 710 ntTSL 35.67□□□□□ -1.53e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 TBCK-219ENST00000514689 703 ntTSL 35.44□□□□□ -1.543e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SEC31A-224ENST00000507828 1329 ntTSL 55.43□□□□□ -1.543e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 FOPNL-208ENST00000575744 565 ntTSL 4 BASIC5.4□□□□□ -1.543e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 TBCK-212ENST00000506615 593 ntTSL 35.06□□□□□ -1.63e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SEC31A-235ENST00000512732 551 ntTSL 45.05□□□□□ -1.63e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 FOPNL-207ENST00000575073 530 ntTSL 2 BASIC4.92□□□□□ -1.623e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 FOPNL-203ENST00000573087 851 ntTSL 34.64□□□□□ -1.673e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SLC44A5-202ENST00000370859 3896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC4.57□□□□□ -1.683e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 FOPNL-204ENST00000573396 735 ntTSL 3 BASIC4.27□□□□□ -1.733e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 RPL29-203ENST00000475248 551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC3.63□□□□□ -1.833e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 FOPNL-205ENST00000573429 646 ntTSL 3 BASIC3.46□□□□□ -1.863e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 FOPNL-202ENST00000572415 796 ntTSL 23.45□□□□□ -1.863e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NUP210-202ENST00000420141 3134 ntTSL 1 (best)25.2■■□□□ 1.625e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 NUP210-201ENST00000254508 7193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.235e-6■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 SREK1-208ENST00000520580 2369 ntTSL 24.02□□□□□ -1.779e-11■□□□□ 10.2
SF3A3Q12874 TNRC18-204ENST00000413081 925 ntTSL 316.63■□□□□ 0.251e-6■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 HNF4A-207ENST00000609262 540 ntTSL 1 (best)15.13■□□□□ 0.012e-22■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 RBM39-217ENST00000448303 1008 ntTSL 54.91□□□□□ -1.622e-9■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 SLC26A6-206ENST00000414944 724 ntTSL 315.63■□□□□ 0.098e-8■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 SLC26A6-212ENST00000444531 806 ntTSL 314.78□□□□□ -0.048e-8■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 SLC26A6-208ENST00000421649 910 ntTSL 313.56□□□□□ -0.248e-8■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 TTI1-201ENST00000373447 3825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.33□□□□□ -1.085e-7■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 TTI1-202ENST00000373448 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.04□□□□□ -1.285e-7■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 TTI1-203ENST00000449821 3791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.51□□□□□ -1.375e-7■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.146e-6■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.976e-6■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.546e-6■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 SLC38A2-214ENST00000612232 1221 ntTSL 1 (best) BASIC4.03□□□□□ -1.768e-9■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 GRB7-206ENST00000461756 554 ntTSL 313.55□□□□□ -0.247e-7■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 RBM39-227ENST00000470563 384 ntTSL 36.09□□□□□ -1.432e-9■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 RBM39-244ENST00000615771 686 ntTSL 55.91□□□□□ -1.462e-9■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.017e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.477e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.917e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CUEDC1-212ENST00000584746 2870 ntTSL 219.89■□□□□ 0.777e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.617e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-207ENST00000540763 799 ntTSL 317.8■□□□□ 0.447e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-211ENST00000544429 574 ntTSL 417.37■□□□□ 0.377e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.287e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-204ENST00000536079 765 ntTSL 216.44■□□□□ 0.227e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CUEDC1-206ENST00000577830 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.217e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 MYSM1-202ENST00000466774 560 ntTSL 316.14■□□□□ 0.177e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-209ENST00000542286 2767 ntTSL 215.88■□□□□ 0.137e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CUEDC1-211ENST00000582951 756 ntTSL 215.58■□□□□ 0.087e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.037e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-212ENST00000544738 956 ntTSL 513.93□□□□□ -0.187e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-202ENST00000354291 1004 ntTSL 513.26□□□□□ -0.297e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CUEDC1-209ENST00000581391 857 ntTSL 212.37□□□□□ -0.437e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-206ENST00000539934 2240 ntTSL 512.34□□□□□ -0.437e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CUEDC1-204ENST00000577497 707 ntTSL 211.84□□□□□ -0.517e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 DDX55-213ENST00000545042 450 ntTSL 511.83□□□□□ -0.527e-10■□□□□ 10.1
SF3A3Q12874 CDK6-201ENST00000265734 11612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.43□□□□□ -0.587e-10■□□□□ 10.1
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